Stuxnet wordt gezien als een van de eerste 'industriële' malwares, en het werd ingezet door de Amerikaanse en Israëlische inlichtingendiensten om te infiltreren in een complex dat plutonium verrijkte in Natanz, Iran in 2007. Volgens Huib Modderkolk, een Nederlandse journalist, leverde ook de Nederlandse inlichtingendienst een belangrijke bijdrage aan de operatie.

De Stuxnet malware was specifiek gebouwd voor elektrische en nucleaire installaties en zorgde voor foutjes in de aanstuursoftware. Daardoor konden de centrifuges in het Iraanse complex over hun toeren draaien tot ze braken, zonder dat de ingenieurs ter plaatse dat doorhadden. De operatie zou het Iraanse kernprogramma met jaren hebben vertraagd.

Volgens Modderkolk bevestigen vier inlichtingenbronnen dat de AIVD heeft geholpen bij het verspreiden van de malware in Natanz, een complex zonder internetverbindingen. Hij schrijft dat een AIVD-agent het complex kon infiltreren in een operatie die jaren in beslag nam. Vermoedelijk gaat het om een dubbelagent die een USB-stick het gebouw binnen smokkelde om zo de hele installatie te saboteren.

Modderkolk schrijft het verhaal neer in een boek dat vandaag uitkomt, en in een lang artikel in de Nederlandse Volkskrant. De Nederlandse AIVD zelf meldt dat het niet kan reageren op vragen over de operatie.